Markus "Notch" Persson đã bắt đầu phát triển Minecraft như một dự án. Ông đã được truyền cảm hứng bởi một số trò chơi khác như Dwarf Fortress, Dungeon Keeper, và sau đó là Infiniminer. Vào thời điểm đó, ông đã hình dung một trò chơi xây dựng 3D. Infiniminer ảnh hưởng nhiều đến phong cách của trò chơi, bao gồm cả các khía cạnh người chơi, các "khối ô vuông" và các nguyên tắc cơ bản để xây dựng. Tuy nhiên, không giống như Infiniminer, Persson muốn Minecraft có yếu tố RPG.

Minecraft lần đầu tiên được phát hành cho công chúng vào ngày 17 tháng 5 năm 2009, như là một phiên bản phát triển trên diễn đàn TIGSource, sau đó trở nên nổi tiếng như là phiên bản cổ điển. Bản cập nhật lớn đầu tiên, được gọi là phiên bản alpha, đã được phát hành vào ngày 28 tháng 6 năm 2010. Persson duy trì công việc với Minecraft bằng toàn bộ thời gian sau khi phiên bản alpha của trò chơi phát triển. Persson tiếp tục cập nhật những phiên bản mới của trò chơi cho người dùng một cách tự động. Những bản cập nhật bao gồm các tính năng như các mặt hàng mới, khối mới, quái vật mới, chế độ, và thay đổi hành vi của trò chơi (như cách hoạt động của nước).

Để phát triển của Minecraft, Persson lập một công ty trò chơi tên là Mojang. Vào ngày 11 tháng 12 năm 2010, Persson thông báo rằng Minecraft đã bước vào giai đoạn thử nghiệm beta của nó ngày 20 tháng 12 năm 2010. Trong quá trình phát triển, Mojang đã thuê một số nhân viên mới để làm việc trên dự án.